2050年? 世界は核兵器による戦争を繰り返していた。日本帝国軍は軍事財閥タナハシの力を持って、ネオヤマトとして世界征服を企んでいた。暴虐の限りを尽くすネオヤマトに対し、平和を願う政府反乱軍サークルが抵抗を試みる。そのリーダー、ケントの命を狙うタナハシは、2009年の日本に暗殺サイボーグ イリューを送り込み、ケントの父、荒川正吾の命を狙い、ケントの存在自体を無きものにしようとしていた…。