这是一个人类和妖怪共存的世界，在妖怪的国度里，鬼太郎（温兹瑛士 饰）和朋友们过着无忧无虑的生活。然而，某一日，封印着人类邪念的妖怪石忽然下落不明，使得整个妖界陷入了恐慌之中，这块石头若是落到了心术不正之徒的手中，后果恐怕不堪设想。
与此同时，一位名叫三浦健太的小学生写信给鬼太郎，声称家乡为了修建主题公园而拆毁了稻荷神社，并因此激怒了妖怪，造成灵异事件频发的糟糕局面。让鬼太郎没有想到的是，妖怪石几经辗转，竟然落到了三浦健太的手中。贪婪邪恶的妖怪空狐一直渴望着得到妖怪石以获得强大的力量，在妖怪石的引导之下，空狐渐渐逼近三浦健太的身边。
