斯凯普林管道公司在挖掘地下时偶然打通了两个世界的管道，让马里奥（鲍勃·霍斯金斯 Bob Hoskins 饰）和鲁基（约翰·雷吉扎莫 John Leguizamo 饰）兄弟有机会进入另一个由库帕（丹尼斯·霍珀 Dennis Hopper 饰）控制的世界。
库帕运用他的机器，可以随意改变生物的进化或退化，而戴西（萨曼莎·玛西丝 Samantha Mathis 饰）被抓后，她成为统一两个世界的关键。陨石碎片成为了争夺的焦点。兄弟二人展现出他们作为管道工的技能，利用自己的能力帮助戴西，使她能够使用陨石碎片使父亲复原，并且稳定混乱的局势。马里奥和鲁基兄弟通过发挥各自的所长，助力戴西实现目标，同时也为两个世界的和平作出了贡献。
